メタアナリシスのグラフ―フォレストプロットはどう描く？

メタアナリシスをまとめるときに、
必ず登場するのがフォレストプロット(forest plot)。

個々の研究の結果と、
統合した結果を一度に描いたグラフ。

フォレストプロットが簡単にきれいに描けるのが、
統計ソフトRのmetaforライブラリだ。

フォレストプロットを簡単に描くにはまず統合値の計算

統計ソフトRを使う。

紹介記事はこちら。

metaforライブラリを使う。

最初一回だけインストールする。

使用するデータはこちらからダウンロード可能。

metaforライブラリを呼び出す。

escalc()で個々の研究の推定値estimate; yiと
分散variance; viを計算する。

measure=で指標を指定。今回のデータはオッズ比。

rma.uni()で統合オッズ比を計算する。

統合する方法は制限付き最尤推定量（REML）。

フォレストプロットを描いてみる

デフォルトはこうなる。

真数の表示で対数目盛りにする方法

X軸（横軸）の値を対数から真数に変更するには
atransf=expと指定する。

atransf=expは、数値は真数だが、目盛りは対数とする指定。

at=でX軸の目盛りのラベルを規定する。
0.05, 0.25, 1, 4, 20の5つの値を表示するように指示している。

0.05, 0.25, 1, 4, 20の対数の位置に、0.05, 0.25, 1, 4, 20を表示する
という指示だ。

グラフを見てみると、
数値は真数のオッズ比0.05, 0.25, 1, 4, 20だが、
間隔は対数になっている。

0.05と20、0.25と4がそれぞれ1から同じ距離だ。

目盛り（距離）は対数で、目盛りに書いてある数値は真数ということだ。

とても便利な機能。

推定値の順番に並べ替える方法

order=”obs”の指定を追加した。

obsはobserved effect size（観察された効果の大きさ）の略語。

分散が小さい順に並べる方法

指定はorder=”prec”。

precはprecision（精度）の略と見た。

まとめ

統計ソフトRのmetaforライブラリforest()を使って、
メタアナリシスのフォレストプロットを描いてみた。

すごく簡単にきれいなフォレストプロットが描けるので、
ぜひ試してみてほしい。